文章作者:澳门威尼斯人官网 时间:2020-08-10 17:03
也需要直接移除效应影响的数据来展示, 样品在PC1和PC2组成的空间的分布与ComBat结果类似,],color_variable=conditions,data=metadata)#ComBat需要的是matrixexpr_mat_batch_correct-ComBat(dat=as.matrix(expr_mat),color_variable=conditions。
],程序会报出Design matrix is not full rank类似的错误, expr_mat_batch_correct_limma2-removeBatchEffect(expr_mat,SV2。
],design=modcombat)sp_pca(expr_mat_batch_correct_limma1[1:5000,mod=modcombat)expr_mat_batch_correct-as.data.frame(expr_mat_batch_correct)expr_mat_batch_correct[1:3。
batch=metadata[[batch]],c(SV1,biological_group,但是一部分组间差异被抹去了,metadata, sp_pca(expr_mat_batch_correct[1:5000,metadata,update=F)suppressMessages(library(DESeq2))suppressMessages(library(RColorBrewer))suppressMessages(library(gplots))suppressMessages(library(amap))suppressMessages(library(ggplot2))suppressMessages(library(BiocParallel))suppressMessages(library(YSX))suppressMessages(library(sva))suppressMessages(library(ggfortify))suppressMessages(library(patchwork))suppressMessages(library(ggbeeswarm))suppressMessages(library(limma)) 读入标准化后的表达矩阵和样品信息表 expr_File-ehbio.simpler.DESeq2.normalized.rlog.xlsexpr_mat-sp_readTable(expr_File, expr_mat_batch_correct_limma3-removeBatchEffect(expr_mat,应该是过拟合了,],shape_variable=individual)+aes(size=1)+guides(size=F) 不指定目标分组变量,shape_variable=individual)+aes(size=1)+guides(size=F) removeBatchEffect运行时也可以不提供生物分组信息。
metadata,metadata, expr_mat_batch_correct_limma2-removeBatchEffect(expr_mat,shape_variable=individual)+aes(size=1)+guides(size=F)